孤獨症的起因不一定都相同,但通常營養因素是起關鍵作用的。更確切地說,如果兒童缺乏某些特別的營養物,免疫系統往往會遭到破壞。這些兒童的身體方面都存在某些致病因素,如脂肪酸代謝和電解質平衡極度紊亂,紅細胞和白細胞的產生沒有規律,
孤獨症的兒童要麼十分挑食,要麼就吃些奇怪東西,包括不適宜食用的東西。這種與眾不同的飲食方式是造成營養不良的主要原因。電解質對細胞獲取營養素起很大作用,如果電解質的不平衡得不到糾正,提供營養補充就毫無意義。電解質失去平衡後會影響大腦對體內一些重要化學物質的調節功能。
由於營養不良,血液檢查的各項指標與正常的兒童相比有明顯改變。如果紅細胞計數很低,身體難以將足夠的氧輸送給各組織,包括腦組織。腦內的氧不足,可能形成孤僻的、混亂的、不活躍的思維品質。
體內一些必須的脂肪酸含量低也是患孤獨症的原因,因為內分泌系統及其激素,